「自然輸入法99」新增「自然拼音」。自然拼音是以「句子段落」作為自動選字的單位，例如：「紐西蘭與澳洲地區今年天氣非常適合全世界各旅行社組團來觀光旅遊。」整句共30個字，一氣呵成打字下來，全部是自動選字，好像在寫字般的自然，故稱自然拼音。若遇到無法自動選字的錯字時，自然拼音的修正功能（按上行箭頭鍵）也相當方便，同時會出現翹舌音與不翹舌音及ㄣ與ㄥ等容易弄錯的字。標點符號直接敲，就出來，非常方便。
「自然拼音」在同一個模式下同時接受台灣的「通用拼音」與中國大陸的「漢語拼音」，彼此互利互補。例如輸入「小鳳」兩字時，可用「siao fong」（通用拼音），也可用「xiao feng」（漢語拼音），甚至可用「xiao fong」或「siao feng」，電腦通通接受，完全讓使用者自由選擇。一些左手小指不靈活的人，通常不喜歡用漢語拼音打字，因為太集中在左手小指上（Z,Q，還有無名指的X）。通用拼音提供一個選擇，可以減輕左手小指的負荷量，這對於左手小指頭有障礙的人來講，是一大方便。
1.您是注音符號的使用者，不熟悉拼音輸入法。
我們假設您會講華語也會注音符號，那麼您要學的功課很簡單：只要將ㄅㄆㄇ套入abc即可。自然拼音輸入教學，共四課。（你也可採用自然輸入法特別提供的注音許氏鍵盤輸入法，很自然的將注音對應到26個英文字母，將中打與英打合而為一）
通用拼音教材(余伯泉編，2000/09/30修訂)
什麼是羅馬拼音？什麼是通用拼音？「羅馬拼音」就是以26個全世界通用的羅馬字母（豆芽菜）來拼寫任何一種語言，例如日語拼音、英文abc、德文abc、法文abc等。「通用拼音」就是以26個羅馬字母來拼寫華語，學會之後，也可通用於客語與福佬台語，同時可學會中國大陸的漢語拼音。
第一課：
| ㄅ | ㄆ | ㄇ | ㄈ | ㄉ | ㄊ | ㄋ | ㄌ | ㄍ | ㄎ | ㄏ |
| b | p | m | f | d | t | n | l | g | k | h |
| ㄚ | ㄜ | ㄧ | ㄛ | ㄨ | ㄦ | ㄩ | ㄩㄝ | ㄧㄝ | ||
| a | e | i | o | u | er | yu/v | yue/ve | ie | ||
| ㄞ | ㄟ | ㄠ | ㄡ | ㄢ | ㄤ | ㄣ | ㄥ | ㄨㄥ | ||
| ai | ei | ao=au | ou | an | ang | en/n | eng/ng | ong |
例如「開ㄎㄞ車ㄔㄜ＝kai che 」（第一聲請按空白鍵）
第二課：ㄣ（en）、ㄥ（eng）與ㄧ、ㄨ、ㄩ結合時，省略e（規則1）。
所有的ung轉為ong（規則1-1）。
（協助記憶：省略e與轉為ong後，英語直覺較好）
例如「賓ㄅㄧㄣ（bien）＝bin」，「東ㄉㄨㄥ（dueng）dung＝dong」
第三課：ㄐ（ji）、ㄑ（ci）、ㄒ（si）與ㄧ、ㄩ結合時，省略i（規則2）。
| ㄗ | ㄘ | ㄙ | ㄐ | ㄑ | ㄒ | ㄓ | ㄔ | ㄕ | ㄖ | 母語 | 母語 | 母語 |
| z | c | s | ji=zi | ci | si | jh=zh | ch | sh | r | zi | ci | si |
提示：馬自達mazda，z代表ㄗ。德語ABC的C唸作ㄘㄝ，字母c代表ㄘ。
義大利語ci接近ㄑ。ji,ci,si與jh,ch,sh對應。注意ㄩ類音節容易犯錯。
（協助記憶：ㄐ＝ㄐㄧ，ㄑ＝ㄑㄧ，ㄒ＝ㄒㄧ，ㄧ是多餘的，故省略i）
例如「蝦ㄒㄧㄚ（siia）＝sia」
＊請注意ㄐ、ㄑ、ㄒ與ㄩ類音節結合時容易犯錯。（協助記憶：y＝i，w＝u）
「居ㄐㄩ（jiyu）＝jyu」「區ㄑㄩ（ciyu）＝cyu」「需ㄒㄩ（siyu）＝syu」
「窘ㄐㄩㄥ(jiyong)＝jyong」「窮ㄑㄩㄥ(ciyong)＝cyong」
「兄ㄒㄩㄥ（siyong）＝syong」
第四課：在字首時，ㄧ（i）用yi表記；ㄨ（u）用wu表記。但是yi與wu後面又有母音字母時，除了規則1外，僅用y與w即可（規則3：零聲母）。
（協助記憶：y＝i看作是ㄧ，w＝u看作是ㄨ）
| 衣 ㄧ →yi | 音 ㄧㄣ →yien →yin | 英 ㄧㄥ →yieng→ying |
| 吳 ㄨ →wu | 溫 ㄨㄣ →wuen →wun | 翁 ㄨㄥ wueng→wung→wong |
| 楊ㄧㄤ yiang→yang | 王ㄨㄤ wuang→wang |
| 嚴ㄧㄢ yian →yan | 灣ㄨㄢ wuan →wan（Taiwan） |
| 吳ㄨ | 英ㄧㄥ | 溫ㄨㄣ | 翁ㄨㄥ | 很ㄏㄣ | 兄ㄒㄩㄥ | |
| 書寫格式 | wu | ying | wun | wong | hen | syong |
| 電腦輸入 | u | ing | un | ong | hn | siong |
| 休ㄒㄧㄡ | 輝ㄏㄨㄟ | 圈ㄑㄩㄢ | 吃ㄔ | |
| 書寫格式 | siou | huei | cyuan | chih |
| 電腦輸入 | sio | hui | cvan | ch |
自然拼音輸入法的聲調輸入，分別由數字鍵1,2,3,4,5對應到一聲、二聲、三聲、四聲與輕聲。但是在實際的輸入的過程中，建議您採用更方便的英打基本指法位置「J（右食指）、F（左食指）、D（左中指）、空格鍵（右拇指）、S（左無名指）」對應到四聲、三聲、二聲、一聲與輕聲，讓您再也不必移開您的手指去按數字鍵。例如輸入「夏」時，您只要鍵入「siaj」即可，又如輸入「蕭」時，您只要鍵入「siao空格鍵」即可。
採用自然輸入法時，若「輸入行」只提供8個字的存放，就會ENTER進入，可將「輸入行」拉長，就可將存放的字數提高，建議提高到15個字左右，更有利於輸入的便捷。
採用自然輸入法，若遇到你自己常用的詞句，但電腦沒辦法抓準選字時，有兩個方法協助。第一，連續按ENTER輸入該詞五次，加深電腦對該詞的「記憶」。第二，建立詞庫，例如若經常需要輸入「全美中文學校聯合會總會」11個字，可自建詞庫，以後只要按aa或acu等簡單的自訂字母，就可出現上述11個字。
詞庫立方法如下：
1.在C槽內建立一個名叫「gobox.txt」的文字檔。
2.輸入需要自建的詞，例如（aa後要空一格）
aa 全美中文學校聯合會總會
3.存檔
4.退出文書軟體，例如記事本或WORD。退出自然輸入法。
5.到「開始」中的「程式集」的「自然輸入法」的
「詞庫轉換程式」的「轉換2.0格式」（或直接到檔案總管的going32的Wconvert.exe的「轉換2.0格式」）
6.再到C槽內going32的gobox.txt 的「要將轉換結果輸出，回答是」
7.再叫出文書軟體，叫出自然輸入法。按左上角的「~aa」，按空白鍵。
就會出現「全美中文學校聯合會總會」11個字。
8.以後若要增減詞庫內容，只要按「ctrl-」（control減），就能叫出gobox.txt檔，加以增減之，並按上述程序存檔，重新設定一次。
通用拼音方案
（2000年9月16日教育部國語推行委員會通過）
通用拼音與注音符號聲母、韻母對照表
| ㄅ b | ㄐ ji | ㄚ a | ㄞ ai | ㄧ -ia
ㄚ ya |
ㄨ -uo
ㄛ wo |
| ㄆ p | ㄑ ci | ㄜ e | ㄟ ei | ㄧ
ㄛ yo |
ㄨ -uai
ㄞ wai |
| ㄇ m | ㄒ si | ㄧ -i yi | ㄠ ao | ㄧ -ie
ㄝ ye |
ㄨ -u(e)i
ㄟ wei |
| ㄈ f | ㄓ jh
jhih |
ㄛ o | ㄡ ou | ㄧ
ㄞ yai |
ㄨ -uan
ㄢ wan |
| ㄉ d | ㄔ ch
chih |
ㄨ -u
wu |
ㄢ an | ㄧ -iao
ㄠ yao |
ㄨ -uang
ㄤ wang |
| ㄊ t | ㄕ sh
shih |
ㄦ er | ㄤ ang | ㄧ -i(o)u
ㄡ you |
ㄨ -un
ㄣ wun |
| ㄋ n | ㄖ r
rih |
ㄩ yu | ㄣ en | ㄧ -ian
ㄢ yan |
ㄨ -ong
ㄥ wong |
| ㄌ l | ㄗ z
zih |
ㄥ eng | ㄧ -iang
ㄤ yang |
ㄩ yue
ㄝ |
|
| ㄍ g | ㄘ c
cih |
ㄧ -in
ㄣ yin |
ㄩ yuan
ㄢ |
||
| ㄎ k | ㄙ s
sih |
ㄧ -ing
ㄥ ying |
ㄩ yun
ㄣ |
||
| ㄏ h | ㄨ -ua
ㄚ wa |
ㄩ yong
ㄥ |
1.注音符號與通用拼音的轉換在ㄣ（en）、ㄥ（eng）與ㄧ、ㄨ、ㄩ結合時，省略
字母e，而且所有的ung轉為ong。
2.注音符號與通用拼音的轉換在ㄐ（ji）、ㄑ（ci）、ㄒ（si）與ㄧ、ㄩ結合時，
省略字母i。
2.您已是漢語拼音的使用者
如果您是熟悉大陸漢語拼音的使用者，那麼您可以完全用過去的輸入習慣，在通用拼音輸入法中，暢行無阻。另外自然拼音輸入法具有相當自然靈活的優點，例如輸入「英」時，您不必輸入書寫時的標準字母「ying」，只要輸入「ing」即可，因為「y＝i」所以在電腦輸入的層次，不必那麼僵硬去輸入「ying」。
通用拼音與漢語拼音有四點不同。
1. 漢語拼音的J,Q,X, Zh,Ch,Sh＝Ji,Ci,Si Jh,Ch,Sh
2. 漢語拼音將[y]用u,
,yu三個符號表記，通用拼音一律用yu。
3. 漢語拼音的zhi,chi,shi,ri,zi,ci,si＝zhih,chih,shih,rih,zih,cih,sih。
4. 漢語拼音的weng,wen, feng＝wong,wun, fong。
上述四點所產生的不同音節，如下表：
| 通用拼音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | 漢語拼音 |
| jha | zha | si | xi | ci | qi | jyu | ju |
| jhe | zhe | sia | xia | cia | qia | jyue | jue |
| jhai | zhai | siao | xiao | ciao | qiao | jyuan | juan |
| jhei | zhei | sie | xie | cie | qie | jyun | jun |
| jhao | zhao | si(o)u | xiu | ci(o)u | qiu | jyong | jiong |
| jhou | zhou | sian | xian | cian | qian | ||
| jhan | zhan | siang | xiang | ciang | qiang | nyu | n  |
| jhang | zhang | sin | xin | cin | qin | nyue | n  |
| jhen | zhen | sing | cing | qing | lyu | l |
|
| jheng | zheng | syu | xu | cyu | qu | lyue | l |
| jhu | zhu | syue | xue | cyue | que | ||
| jhua | zhua | syuan | xuan | cyuan | quan | jhih | zhi |
| jhuo | zhuo | syun | xun | cyun | qun | chih | chi |
| jhuai | zhuai | syong | xiong | cyong | qiong | shih | shi |
| jhu(e)i | zhui | rih | ri | ||||
| jhuan | zhuan | wong | weng | zih | zi | ||
| jhuang | zhuang | wun | wen | cih | ci | ||
| jhun | zhun | fong | feng | sih | si | ||
| jhong | zhong |
3.自然99海外安裝說明
自然拼音99可以在WIN2000英文版與中文版使用（當然可以在98或95中文視窗使用），安裝序號皆可用07W2F50336直接安裝。安裝指南參見王派桓先生提供給大家的網頁http://go.to/going99
與參考下列的簡介
自然拼音99在Win2000英文介面版中的安裝指南
自然輸入法99目前相容於Windows 2000英文版
（但必需選擇 Traditional
Chinese 為預設系統語言設定）
請依下列步驟：
Step 1. 點選 Start / Settings / Control Panel
Step 2. 點選 Reginal Options
Step 3. 在
[General] 標籤中 設定 [ Language Settings for the system ]
先勾選 [Traditional Chinese]
Step 4. 在
[General] 標籤中 設定 [ Your Locale (location)]
再選取 [Chinese (Taiwan)]
Step 5. 按 [ Set default... ] 按鈕
Step 6. 在[Select
System Locale]對話視窗中
選取[Select the appropriate locale]為 [Chinese (Taiwan)]後，按 [OK] 鈕。
Step 7. 回到
[Reginal Options]後，再按 [OK ]即完成變更系統語言別的設定為：
傳統正體中文Traditional Chinese (Default)。
Step 8. 系統會要求重新開機，首先會出現[General]對話視窗，請按[Yes]鈕。
Step 9. 出現[Change Reginal Options]對話視窗，請按[Yes]鈕。
Step 10. 系統重開機後再安裝自然輸入法99即可正常在英文版的Windows
2000及Word 2000中使用。